Manuel Yanowsky, l'architecte choisi pour construire la grande église orthodoxe russe quai Branly, à Paris, estimant avoir été injustement écarté de ce projet prestigieux pour des raisons politiques, alors qu'il avait gagné en mars 2011 un concours officiel, a décidé de porter plainte contre Aurélie Filippetti pour "abus d'autorité publique". Me Louis Fauquet, l'avocat de l'architecte, explique :
"Elle a donné des instructions aux Architectes des bâtiments de France (ABF) et à la Direction régionale des affaires culturelles (DRAC) d'Ile-de-France pour qu'ils rendent des avis négatifs sur la demande de permis de construire".
A l'appui de ses accusations contre Aurélie Filippetti, l'avocat a joint à sa plainte l'enregistrement clandestin d'une réunion de travail tenue le 16 octobre 2012 à l'ambassade de Russie. Alexandre Orlov, l'ambassadeur, y déclare notamment :
"Nous avons parlé avec les personnes concernées qui nous ont avoué avoir reçu des instructions de faire un avis défavorable".
Selon Me Fauquet,
"Aurélie Filippetti a surtout voulu faire plaisir à son ami Bertrand Delanoë, opposé depuis le début au projet de Manuel Yanowsky".
Le maire de Paris n'a jamais caché son hostilité à l'encontre de cette église, élément central d'un grand centre spirituel et culturel orthodoxe édifié à la place du siège de Meteo France, vendu 60 millions d'euros à la Fédération de Russie en mars 2010. Estimant que le maire a mené une campagne de déstabilisation contre lui, l'architecte assigne également Bertrand Delanoë pour "violation des obligations contractuelles découlant du concours auquel la ville de Paris avait participé", et lui réclame 10 millions d'euros.