Dans La Damnation, mode d'emploi, Jean-Pierre Fontaine analyse le péché, la puissance du mal, et plus particulièrement les structures de péché propres à notre époque et dénoncées par Jean-Paul II. En effet, au-delà du péché personnel, l'interdépendance des systèmes sociaux, économiques et politiques, crée dans le monde d'aujourd'hui de multiples structures de péché, une terrible force d'attraction du mal qui font juger «normales» et «inévitables» beaucoup d'attitudes. Le mal grandit et influence avec des effets dévastateurs les consciences, qui restent désorientées et ne sont même pas en mesure d'opérer un discernement. Extrait :
"Au début de l'ère chrétienne et pendant plus de deux siècles, les chrétiens ont été l'objet de persécutions parfois épouvantables. La raison de ces persécutions semble avoir été oubliée, pourtant les Romains, profondément légalistes, n'ont pas jeté les chrétiens aux lions sans un motif judiciaire précis. Rappelons-le, proclamons-le, c'est pour athéisme que les chrétiens ont été persécutés. Les Romains toléraient tout sauf l'intolérance, et l'intolérance dont les chrétiens faisaient preuve envers les idoles de l'empire était criminelle aux yeux des autorités. La multiplicité des dieux et leur coexistence semblaient assurer la stabilité de la société et la pérennité de l'empire. Refuser d'y faire son marché, de vénérer les uns tout en respectant les autres, c'était, pour l'empereur et son Sénat, vouloir plonger le monde dans le chaos. Les chrétiens sont appelés à être les athées du monde moderne comme ils l'ont été pour le monde antique ; ils doivent redevenir ceux qui refusent les faux dieux partout célébrés, ces faux dieux qui, loin d'assurer la paix entre les hommes et l'amélioration de leur condition terrestre, les mènent au désastre en ce monde et à la perdition éternelle dans l'autre. La ressemblance toute formelle de certaines idoles avec ce qui fut la morale des sociétés dites chrétiennes ne doit plus faire illusion, les idoles ne sont pas des idées chrétienne devenues folles qu'il conviendrait d'"encadrer", ou de remettre en ordre ; intrinsèquement perverses elles ne sont rien d'autre que des poteaux indicateurs sur la route de la perdition."