Il faudra attendre la guerre de Crète (1645-1669) pour qu’un conflit d’envergure, s’inscrivant dans la longue guerre euro-turque, réanime le théâtre méditerranéen et pour que l’empire ottoman enregistre l’un de ses derniers triomphes. Le prétexte de cette guerre est la capture en 1644 de la belle épouse du sultan par les Chevaliers de Malte. En représailles, les Turcs débarquent en Crète et s’emparent de l’île, que personne ne pourra leur arracher. Venise ne parvient pas à briser les lignes de communications turques : elle doit demander la paix et abandonner la Crète. La dernière grande île du bassin oriental tombe aux mains des Turcs, 98 ans après Lépante. Avec la marche de Kara Mustafa sur Vienne en 1683, ce sera le chant du cygne de l’empire ottoman. La défaite devant Vienne annonce la perte de la Hongrie et du Nord de la péninsule balkanique. La Sublime Porte est sur le déclin, sous les coups de boutoirs des armées habsbourgeoises, dirigées par ce génie militaire que fut le Prince Eugène de Savoie-Carignan. L’empire ottoman ne menacera plus l’Europe. Et les Européens s’empresseront d’oublier le danger turc.
